科技日?qǐng)?bào)記者 都芃
4月16日，數(shù)字生物領(lǐng)域企業(yè)百奧幾何正式發(fā)布首個(gè)全場(chǎng)景原子級(jí)蛋白質(zhì)大模型——GeoFlow V2。該模型首次以原子級(jí)精度統(tǒng)一蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與從頭設(shè)計(jì)兩大核心能力，為生命大分子提供了從理解到創(chuàng)造的一站式解決方案。
相較現(xiàn)在業(yè)界主流模型“只能預(yù)測(cè)或只能生成”的單向能力，GeoFlow V2首次實(shí)現(xiàn)了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與從頭設(shè)計(jì)一體化：既可以對(duì)已有蛋白進(jìn)行精準(zhǔn)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，也可以從零構(gòu)建全新蛋白結(jié)構(gòu)和序列，并在性能指標(biāo)、預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性及設(shè)計(jì)合理性上實(shí)現(xiàn)全面進(jìn)化。
GeoFlow V2具備蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與建模能力，能夠在各種約束條件下精準(zhǔn)預(yù)測(cè)對(duì)接結(jié)構(gòu)，廣泛適用于抗原—抗體、蛋白—蛋白及蛋白—小分子等交互體系。在以抗體設(shè)計(jì)為代表的蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)任務(wù)中，GeoFlow V2展現(xiàn)出先進(jìn)的設(shè)計(jì)結(jié)構(gòu)合理性與結(jié)合成功率，實(shí)現(xiàn)了生成質(zhì)量與命中效率的雙重突破。GeoFlow V2生成結(jié)構(gòu)的表位遵從性、虛擬篩選通過(guò)率等均顯著優(yōu)于此前產(chǎn)品。這意味著，在同樣設(shè)計(jì)數(shù)量的前提下，GeoFlow V2能生成更多具有功能的候選分子，大幅提升蛋白設(shè)計(jì)項(xiàng)目的成功率。
GeoFlow V2具備全棧式的多模態(tài)蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)能力，可在不同類型的任務(wù)中實(shí)現(xiàn)與輸入目標(biāo)的高度靈活匹配。此外，GeoFlow V2能穩(wěn)定輸出結(jié)構(gòu)合理、功能明確的候選設(shè)計(jì)，顯示出其在藥物研發(fā)、分子工程與合成生物學(xué)中的廣譜適配能力。在抗原設(shè)計(jì)、抗體從頭設(shè)計(jì)、功能蛋白設(shè)計(jì)、工業(yè)酶優(yōu)化等多類型真實(shí)項(xiàng)目中，GeoFlow系列模型已顯現(xiàn)出應(yīng)用潛力，有望成為實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)“設(shè)計(jì)自由”的關(guān)鍵工具。
